El 10 de julio de 1844, al llegar el Padre de la Patria, general Juan Pablo Duarte a Puerto Plata procedente de Santiago de los Caballeros, fue proclamado como presidente de la naciente República. Ya el día 4 de julio de 1844, Juan Pablo Duarte había sido aclamado en Santiago, Presidente de la República por Ramón Mella.
Al otro día, 11 de su llegada a Puerto Plata fue celebrado un Tedeum en la Iglesia San Felipe de Puerto Plata, en su honor, por el Padre y seguidor del Fundador de la nacionalidad Dominicana, Manuel González Regalado y en pleno púlpito exhortó a la feligresía presente a adherirse en torno a la egregia personalidad de Duarte y a los verdaderos trinitarios.
El general Pedro Santana, al mando del Ejército Dominicano, hacía su entrada a Santo Domingo y controlaba la situación política del país.
El 13 de julio de 1844 ocupó la presidencia de la República, Pedro Santana hasta el 4 de agosto de 1848.
El 22 de agosto de 1844, la Junta Central Gubernativa declaró a los trinitarios traidores a la Patria y expulsados a cadena perpetua del territorio nacional, incluyendo a su principal líder Juan Pablo Duarte, quien en esos momentos se encontraba en el Cibao.
Juan Pablo Duarte, Juan Isidro Pérez, Félix y Montblanc, son expatriados a Hamburgo, Alemania; Mella, Sánchez, Pina, y el poeta Juan José Illas, son desterrados a Irlanda; y, Vicente Celestino Duarte y su hijo Enrique, a New York.
Santana convoca la Asamblea Constituyente para el 24 de septiembre de 1844, en la ciudad de San Cristóbal, bajo la presidencia del padre Manuel María Valencia para elaborar la primera Constitución.
Los constituyentes redactan una Constitución a las medidas de Pedro Santana y los eligen como presidente de la República. Santana se niega a juramentarse por las limitaciones de las facultades del Poder Ejecutivo formuladas en la Constitución. El diputado Buenaventura Báez protesta por lo solicitado por Santana. Al final se impuso y les dieron los solicitados a través del artículo 210 de esa Constitución.
El primer aniversario de la Independencia Nacional fue conmemorado por el Presidente de la República, general Pedro Santana con el fusilamiento el 28 de Febrero de 1845, en el cementerio de Santo Domingo, de la heroína María Trinidad Sánchez y de los señores: Nicolás de Bari, Andrés Sánchez y José del Carmen Figueroa, en razón de una sentencia evacuada por una Comisión Militar, el 25 de febrero de ese año.
A finales de 1847 autorizó el fusilamiento de los dos hermanos próceres: José Joaquín y Gabino Puello, y, así como también, de Manuel Trinidad Franco y Pedro de Castro.
Nuevamente volvió a ocupar la presidencia de la República, el general Santana, desde el 30 de julio al 24 de septiembre de 1849.
Santana es elegido presidente de la República, el 15 de febrero de 1853 hasta el 1 de junio de 1856.
El 11 de abril de 1855, ejecutan la sentencia y son fusilados el general Antonio Duvergé y su hijo Alcides Duvergé y los comandantes Tomás de la Concha, Juan María Albert y otros.
Por último es elegido presidente de la República, el general Santana, el 27 de
Junio de 1858 hasta el 18 de marzo de 1861.
El 19 de marzo de 1861, Santana anexó el país a España. Hubo protesta por tal hecho bochornoso en el ámbito internacional, de parte de Chile, Perú y Haití.
Santana le entrega el país al general español Francisco Serrano, quien representaría a España.
El traidor Pedro Santana regresa al Seibo, quien se encontraba muy enfermo, convertido en Gobernador y Capitán General de Santo Domingo. Luego, presentó renuncia de dicho cargo y le fue aceptada. En su lugar la reina nombró al general Felipe Rivero y Lemoine.
Los dominicanos, encabezado por Francisco Sánchez del Rosario se preparan para enfrentar la anexión a España. Sánchez y sus otros compañeros fueron detenidos y juzgados por un Consejo de Guerra y condenados a morir fusilados, siendo ejecutados en San Juan de la Maguana, el 4 de julio de 1861.
Hubo algunos movimientos contra de la anexión a España en San Francisco de Macorís y Moca, pero los mismos fracasaron.
José Contreras, Santiago Rodríguez, Benito Monción y otros, iniciaron el Grito de Capotillo, el 16 de agosto de 1863, para así iniciar la Guerra de la Restauración y que el puertoplateño Gregorio Luperón se convertiría en la principal figura de esa epopeya libertadora.
Pedro Santana murió en Santo Domingo el 14 de junio de 1864.
Sus restos, fueron exhumados en 1879 en el patio de la fortaleza, siendo sepultado en la iglesia rectoral de Regina y trasladado a la de El Seibo, en 1931.
Sus restos fueron traídos al Panteón Nacional el 23 de julio de 1978, por el Presidente de la República, Lic. Joaquín Balaguer Ricardo.
Medida como esta última que fue muy criticada al Gobierno del Lic. Joaquín Balaguer, por connotados historiadores dominicanos. Es insólito que un traidor como Pedro Santana se encuentre en el Panteón Nacional, junto a otros verdaderos próceres de la República. La Academia Dominicana de la Historia, tiene la obligación de pedirle al Gobierno Dominicano, que deje sin efecto el decreto número 1383, de fecha 24 de octubre de 1975 y que dichos restos reposen en otro lugar, que no sea ahí en el Panteón Nacional.